وزارت امور خارجی ایران روز شنبه، دوم ژانویه با شدت اعدام یک روحانی شیعه از سوی عبرستان سعودی را محکوم کرد و بیان کرد که عبرستان برای این امر بهای سنگینی خواهد داد. وزرات امور خارجی عربستان سعودی نیز همین روز سفیر ایران در این کشور را احضار کرد و دولت ایران را به دخالت در امور داخلی این کشور متهم کرد.
طبق گزارش پرس تی وی ، حسین جابری انصاری سخنگوی وزارت امور خارجی ایران همین روز اظهار کرد:اعدام شخصیتی مانند شیخ النمر که ابزاری جز سخن گفتن برای پی گیری اهداف سیاسی و دینی خود نداشت، تنها عمق بی تدبیری و بی مسئولیتی را نشان می دهد.
حسین امیر عبداللهیان معاون وزیر امور خارجی ایران در امور عربی و آفریقا کاردار موقت عربستان سعودی در ایران را احضار کرد و از عربستان سعودی جهت اعدام شیخ نمره اعتراض کرد.علاءالدین بروجردی رییس کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس ایران از وزارت خارجه خواست که دیپلمات های ایران در عربستان سعودی را تاحد امکان کاهش دهد و سطح روابط سیاسی دو کشور را پائین بیاورد.
برخی از ایرانیان عصر دوم ژانویه در مقابل سفارت عربستان سعودی تجمع کرده ، تجمع کنندگان پلاکاردهایی در دست داشتند و خواستار تعطیلی سفارت عبرستان در ایران بودند، آنان همچنین فریاد می زدند حج عمره باید لغو شود . اما وزارت کشور ایران اعلام کرد که این تجمع غیر قانونی بوده است .
وزارت امور خارجی عربستان سعودی دوم ژانویه سفیر ایران در این کشور را احضار کرد و از دخالت ایران در امور داخلی این کشور اعتراض کرد و همچنین "بیانات خصمانه "ایران درمورد اعدام تروریست ها از سوی عربستان را با شدت محکوم کرد. عربستان سعودی همچنین از دولت ایران خواست که طبق پیمان های بین المللی، وظیفه پاسداری از امنیت دیپلمات های سفارت این کشور در ایران را برعهده بگیرد.
وزارت امور داخلی عربستان سعودی همین روز از اعدام "47تروریست" از سوی اداره فضایی این کشور خبر داد.