ستاد کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران که به پرونده سقوط بالگرد سید ابراهیم رئیسیرسیدگی می‌کند، در دومین گزارش خود از بررسی ابعاد سانحه، «وقوع انفجار ناشی از خرابکاری در جریان پرواز و لحظات قبل از برخورد به دامنه ارتفاعات» و «هرگونه بروز اختلال در سامانه ارتباطی و یا تداخل فرکانسی» را منتفی دانست.

در گزارش اول ستاد کل نیروهای مسلح تیرتم آمده بود که «هیچ آثاری از شلیک گلوله بر بدنه بالگرد حامل رئیسی یافت نشده» و بالگرد بر اثر «برخورد با ارتفاع» دچار سانحه شده است.

در گزارش دوم ستاد کل نیروهای مسلح ایران آمده که «برابر گزارش دریافتی از سازمان هواشناسی در مورخه ۱۴۰۳/۰۲/۳۰ هوای حاضر و پیش بینی فرودگاه تبریز (مبداء) تا مقصد اول و دوم گروه پروازی (پل آغبند و سد قیز قلعه سی) تا ساعت ۰۸.۵۰ صبح مساعد و متناسب با شرایط پرواز با دید ( VFR ) بوده است لکن هوای مسیر برگشت با دریافت آخرین اسناد دریافتی و اظهارات خلبانان و سرنشینان دو بالگرد دیگر نیاز به بررسی بیشتر دارد که متعاقبا اعلام می گردد.»

همچنین بر اساس بررسی ستاد کل نیروهای مسلح ایران، « اشکالی که به لحاظ تعمیرات و نگهداری بتواند در وقوع سانحه موثر باشد مشاهده نشده» و «ظرفیت مجاز بالگرد» نیر رعایت شده بود.

نکته جدیدی که در این گزارش نوشته شده این است که «بر اساس پیاده سازی مکالمات ضبط شده بین خلبانان گروه پروازی، آخرین تماس با خلبانان بالگرد سانحه دیده تا زمان وقوع حادثه و عدم پاسخگویی آنها ۶۹ ثانیه طول کشیده است و هیچ گونه اعلامی مبنی بر وضعیت اضطراری ضبط نگردیده است.»

ستاد کل نیروهای مسلح تصریح کرده که «با توجه به نمونه برداری و آزمایشات صورت گرفته از بقایا و قطعات بالگرد و نحوه پراکندگی آنها و فواصل اجزاء جدا شده از بدنه اصلی، وقوع انفجار ناشی از خرابکاری در جریان پرواز و لحظات قبل از برخورد به دامنه ارتفاعات منتفی می باشد.»

در این گزارش آمده: «برابر گزارش کارشناسان تخصصی آثاری ناشی از اقدامات جنگ الکترونیک بر روی بالگرد سانحه دیده مشاهده نشده است. تا زمان کشف علت اصلی سانحه، بررسی آزمایشات و تجزیه و تحلیل داده‌ها ادامه می یابد و نتایج اطلاع رسانی خواهد شد.»